Organa upravljanja Zavoda sta po Statutu Svet Zavoda (Upravni odbor do konstituiranja Sveta Zavoda na 1. seji 10.  5.  2007) in generalni direktor.

Svet Zavoda ima trinajst članov, v letu 2007 so ga sestavljali:

• predstavniki delodajalcev, reprezentativnih za območje države: Vili Brandt, Samo HribarMilič, Tatjana Čerin

• predstavniki sindikatov, reprezentativnih za območje države: Tatjana Labernik, Gregor Miklič/Goran Lukič in Vladimir Tkalec

• predstavniki Vlade Republike Slovenije: Franc Pristovšek, Damjana Košir, Domen Bizjak, Tomaž Rozman, Ana Marija Hribar in Stanislav Vencelj

• predstavni Sveta delavcev Zavoda: Andrej Smole

Svet Zavoda je od konstituiranja v letu 2007 vodil Franc Pristovšek.

Na Zavodu aktivno deluje Sindikat Zavoda, ki ga  je v letu 2007 vodil Matjaž Aleš, ter Svet delavcev, ki ga je vodil Dejan Bračko.

Upravljanje Zavoda