Organa upravljanja Zavoda sta po Statutu Upravni odbor in generalni direktor.

Upravni odbor (v nadaljevanj UO) ima trinajst članov, v letu 2006 so ga sestavljali:

• predstavniki delodajalcev, reprezentativnih za območje države: Vili Brandt, Samo Hribar Milič, Tatjana Čerin, Alojz Vilčnik

• predstavniki sindikatov, reprezentativnih za območje države: Bruno Čendak, Tatjana Labernik, Majda Medved, Gregor Miklič

• predstavniki Vlade Republike Slovenije: Maja Križan, Marjetka Mahne, Marjeta Cotman, Franc Pristovšek

• predstavnica Sveta delavcev Zavoda: Danica Dolničar

Upravni odbor je v letu 2006 vodila Marjeta Cotman.

Na Zavodu aktivno deluje Sindikat Zavoda, ki mu je predsedovala Danica Dolničar, ter Svet delavcev, ki ga je v letu 2006 vodil Dejan Bračko.

Slika 4: Upravljanje Zavoda